Nous sommes au seizième siècle et les guerres de réligions faitent brûler la Flandre. Des bandes de gueux pillent la campagne flamande. Les soeurs fuisent leur couvent à Gistel et cherchent la protection de la ville de Bruges. En 1623, sur le conseil de l'abbé de Saint-André, des sœurs achètent une maison avec enclos située rue de la Bouverie, baptisée « het Fontainken ». Les trois premières sœurs s'y installent. Le reste des sœurs continue dans un premier temps de résider rue des Oies mais en 1626, avec l'aide de l'abbesse de l'abbaye de Douai, une nouvelle communauté est fondée. Les sœurs sont regroupées rue de la Bouverie. Bruges est aujourd'hui leur lieu de résidence depuis près de quatre siècles.
Au fil de toutes ces années, la société a connu de profonds changements. Le cloître des sœurs de la rue de la Bouverie lui aussi a évolué. Simple maison à l'origine, il est devenu avec le temps un site impressionnant au cœur de la ville de Bruges. Mais il n'a jamais cessé de vivre en autarcie, séparé du monde.

Les sœurs consignaient bien sûr minutieusement tous les moments importants de la construction et de l'agrandissement de l'abbaye.